El semen fresco conserva su capacidad fecundante solo unas horas porque con el tiempo, a temperatura ambiente, se va perdiendo la movilidad espermática y por tanto la capacidad fecundante. El semen congelado conserva su capacidad fecundante durante periodos prolongados, incluso superiores a una década. El semen fresco, por su caducidad, solo se usa una vez, sea para inseminación, FIV o ICSI. Cuando se congela el semen se hacen alícuotas habitualmente de 0,5 ml; y de una eyaculación se obtienen 6, 8 o más dosis. Cada dosis es suficiente para una FIV o ICSI. Para una Inseminación se ha de descongelar dos o tres dosis.
Al congelar el semen disminuye la movilidad espermática en un 10% aproximadamente. Los demás parámetros básicos del semen como el recuento y la morfología no cambian por el hecho de la congelación. Solo afecta a la movilidad.
Otra ventaja del semen congelado es que se puede transportar a otra ciudad o país, cosa imposible con el semen fresco.
El semen fresco solo se usa en casos de inseminación de la esposa o casos de FIV o ICSI en los que el hombre puede aportar el semen el mismo día del tratamiento. Si el hombre no está disponible ese día por cuestiones de su trabajo; o tiene dificultad en eyacular un día y a una hora determinados, congelar el semen puede ayudar a resolver la situación.
También en casos que el hombre haya congelado el semen antes de hacerse la vasectomía, o de iniciar un tratamiento con quimioterapia o radioterapia; o se vaya a someter a cirugía que le pueda producir eyaculación retrógrada.